Asymmetric Dimethyl-SMARCC1/BAF155 (Arg1064) Antibody (Rabbit mAb) [J10P11]

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生物描述

特异性 Asymmetric Dimethyl-SMARCC1/BAF155 (Arg1064) Antibody (Rabbit mAb) [J10P11] 可检测 Arg1064 位点发生非对称二甲基化修饰的内源性 SMARCC1/BAF155 蛋白。
背景 BAF155 (SMARCC1) 是 SWI/SNF 染色质重塑复合物的核心结构亚基,BAF155 中的精氨酸 1064 是 CARM1(辅激活因子相关精氨酸甲基转移酶 1,也称为 PRMT4)催化的不对称二甲基化的特定位点,通过免疫沉淀和质谱分析鉴定为 CARM1 的直接底物。这种位点特异性甲基化显著改变了BAF155的基因组分布:染色质免疫沉淀结合高通量测序表明,甲基化的BAF155在c-Myc通路基因处富集,并且这种CARM1依赖性甲基化直接增强了乳腺癌细胞的集落形成能力,这种效应完全依赖于CARM1的活性,这表明甲基化将BAF155的染色质靶向重定向到特定的致癌基因程序,而不是将SWI/SNF复合物均匀地重新分布到整个基因组。甲基化的BAF155发挥两种不同的下游效应,共同驱动肿瘤转移:它通过将阅读蛋白BRD4募集到这些区域来激活超级增强子相关的癌基因,同时分别抑制干扰素α和γ通路基因,从而抑制宿主的抗肿瘤免疫反应;通过药理学方法抑制CARM1,从而阻断BAF155的甲基化,可以同时抑制相关癌基因程序的表达,并通过增强细胞毒性T细胞活性和肿瘤浸润来恢复宿主免疫活性,从而将染色质重塑亚基的这一单一翻译后修饰与细胞内在的致癌转录和细胞外在的免疫逃逸直接联系起来。与此机制相符的是,在转移性癌症患者的循环肿瘤细胞中检测到了甲基化BAF155的强染色,并且CARM1抑制剂虽然对肿瘤细胞的直接细胞毒性较低,但却能显著抑制体外三阴性乳腺癌细胞的迁移,并在体内减少肿瘤生长和转移,这表明维持转移表型所必需的是BAF155的甲基化依赖性功能,而非其基础结构功能。由于 BAF155 本身在未甲基化时已被单独鉴定为 SWI/SNF 的肿瘤抑制亚基,因此这种精氨酸甲基化事件代表了一种机制,通过这种机制,翻译后修饰将核心结构染色质重塑亚基转化为肿瘤进展的活跃驱动因素,从而使甲基化的 BAF155 既成为预后生物标志物,又成为提高癌症免疫疗法疗效的候选靶点。

使用信息

抗体应用 WB, IP, IHC 稀释比例
WB IP IHC
1:1000 1:50 1:800
反应性 Human, Mouse, Rat, Monkey
抗体类型 Rabbit Monoclonal Antibody MW 123 kDa
储存液配方 PBS, pH 7.2+50% Glycerol+0.05% BSA+0.01% NaN3
储存条件
(自收到货起)
-20°C (avoid freeze-thaw cycles), 2 years
IP
实验步骤:
 
实验试剂与准备
1.基础缓冲液:1X PBS或1X TBS(冰浴预冷);1X 细胞裂解液(临用前添加 1 mM PMSF 蛋白酶抑制剂;磷酸化蛋白加入磷酸酶抑制剂)。
2.捕获介质:Protein A/G 磁珠或琼脂糖珠(Sepharose beads)。
3.对照组:使用与一抗来源种属及 IgG 亚型相同、浓度相同的同型对照 IgG(isotype control)。建议同时保留一部分未经免疫沉淀的细胞裂解液作为 Input 对照;必要时可设置仅加入珠子、不加入抗体的 beads-only 对照。
4.上样与洗脱试剂:3X 或 4X SDS 上样缓冲液(含 DTT/还原剂);如需进行非变性洗脱,可另行准备相应洗脱缓冲液及中和缓冲液;若采用变性洗脱,通常使用 1× PBS 将 3× 或 4× SDS 上样缓冲液稀释至 1×。
 
细胞裂解与样品制备(提取天然蛋白)
1.收集细胞:弃去培养基,用冰冷 1X PBS 洗涤细胞一次。
2.裂解细胞:向 10 cm 培养皿中加入 0.5-1 mL 冰浴 1X 细胞裂解液,冰上孵育 5–10 分钟。
3.收集裂解液并离心澄清:刮取细胞,将细胞裂解物转移至微量离心管中。一些贴壁细胞可能需要使用消化酶或机械方法进行分离。随后在 4°C、14,000 rpm 条件下离心 5-15 min,收集上清液,即为澄清后的细胞裂解液。建议测定蛋白浓度。
 
预清除与免疫沉淀反应
1.裂解液预清除(推荐):取适量珠子(磁珠或琼脂糖珠),用细胞裂解液或1X TBS/PBS预洗 2–3 次。珠子预洗后,建议尽量去除洗液,再加入后续试剂,以避免额外稀释样品。对于含去污剂或特定盐浓度的裂解体系,优先使用与裂解液相同或相容的缓冲液预洗,以减少缓冲体系突变。
2.预清除处理:将细胞裂解液与预洗后的珠子混合,室温旋转孵育30-60 min,或4°C旋转孵育1-2 h。
若使用琼脂糖珠,孵育结束后通过离心沉降珠子,并收集上清液。
若使用磁珠,孵育结束后通过磁力架分离珠子,并收集上清液。
该步骤用于去除可与珠子发生非特异性结合的蛋白。对于不稳定蛋白、磷酸化蛋白或蛋白复合物,建议优先采用 4°C 孵育,以减少蛋白降解、去磷酸化或复合物解离。预清除使用的珠子通常不应预先偶联特异性抗体,以免损失目标抗原。
3.形成“珠子–抗体–抗原”免疫复合物
可采用以下两种方式之一:
3.1 先形成抗体-抗原复合物,再加入珠子:向步骤 2 获得的预清除上清液中加入适量一抗,同时设置同型对照 IgG 组。在 4°C 下旋转孵育过夜(推荐),或在室温下旋转孵育 2 h,以形成抗体–抗原复合物。
另取适量珠子,并按照本节步骤 1 的方法预洗。将抗体–抗原复合物加入预洗后的磁珠或琼脂糖珠中,在室温下旋转孵育 30 min–1 h,或在 4°C 下旋转孵育 1–2 h,使抗体–抗原复合物充分结合至珠子。
3.2 先形成珠子-抗体复合物,再加入细胞裂解液:按照抗体说明书推荐的稀释比例,使用细胞裂解液稀释一抗,配制抗体工作液。向抗体工作液中加入适量预洗后的磁珠,在室温下旋转孵育 15 min,或在 4°C 下旋转孵育 1 h,以形成珠子–抗体复合物。
通过磁性分离或离心沉降珠子,弃去上清液,并使用 1× TBS 预洗珠子 2–3 次。随后加入细胞裂解液,在 4°C 下旋转孵育过夜(推荐),或在室温下旋转孵育 2 h。
 
沉淀物洗涤与样品洗脱
1.免疫沉淀完成后,根据珠子类型进行分离,并弃去上清液。
磁珠使用磁力架进行磁性分离
琼脂糖珠应采用与所用珠子规格相匹配的低速离心条件(500–1000 rpm),避免高速离心造成珠子压实或损伤。
2.洗涤珠子:使用冰浴预冷的 1× 细胞裂解液或 1× TBS/TBST 轻柔洗涤珠子 3–5 次。洗涤过程中保持低温。每次加入洗涤液后,轻柔混匀,使珠子充分重悬;随后根据珠子类型使用磁力架或适当的离心条件分离珠子,并彻底去除洗涤液,以尽可能降低未结合及非特异性结合成分。每次洗涤时应尽量去除上清,但需避免吸走珠子。最后一次洗涤后应尽可能去除残余洗涤液,以免稀释洗脱液或影响后续分析。每次洗涤后将样品置于冰上。
3.样品洗脱(二选一):
3.1变性直接洗脱法(最常用):向珠子沉淀中加入 SDS 上样缓冲液,确保终浓度为 1×。若使用 3× 或 4× SDS 上样缓冲液,应先稀释至1×。混匀后加热至 95–100°C 保持 5 分钟。分离珠子,收集上清用于后续电泳。
3.2化学/非变性洗脱法(保留蛋白活性):最后一次洗涤完成后,根据珠子类型使用磁力架或低速离心分离珠子,并尽可能去除残余洗涤液,避免稀释洗脱液。向珠子中加入适量酸性洗脱液/高盐洗脱液,使珠子充分重悬。在室温下轻柔混匀并短时间孵育,使免疫复合物从珠子上解离。使用磁力架或低速离心分离珠子,将洗脱上清液转移至预先加入适量中和缓冲液的收集管中,如有需要,进行必要的 pH 调节。如需提高回收率,可重复洗脱,并合并各次洗脱液。洗脱液、中和缓冲液的组成及用量应根据所用珠子和试剂盒的说明书确定。
3.3 洗脱后的样品处理
用于蛋白活性、天然蛋白复合物或其他非变性分析时:不加入 SDS 上样缓冲液;将样品置于冰上,并尽快用于后续实验。
用于 SDS-PAGE 或 Western blot 时:向中和或脱盐后的洗脱液中加入 SDS 上样缓冲液,使其终浓度为 1×,再按照后续电泳要求处理样品。
根据目标蛋白的稳定性及下游实验要求选择适宜的保存条件,并尽量避免反复冻融。
 
下游分析
Western Blot 分析:取上清进行 SDS-PAGE 电泳及转膜。建议使用轻重链特异性或构象特异性(Conformation Specific)二抗,以避免免疫球蛋白重/轻链(50 kDa / 25 kDa)条带对目的蛋白检测的干扰。建议在同一 Western blot 中设置 Input、同型对照 IgG-IP 和目标抗体-IP 样品;必要时还可加入 beads-only 对照,以评估免疫沉淀效率和非特异性结合。 激酶活性检测(如适用):跳过变性步骤,用激酶缓冲液洗涤珠子后,直接加入底物与 ATP 进行激酶反应。
 

注意:整个裂解与免疫沉淀操作流程均应在 4°C 或冰浴条件下进行,以最大程度保持蛋白质的天然构象并防止其降解。

Application Data

WB

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  • Lane 1: MCF7, Lane 2: 3T3, Lane 3: H-4-II-E, Lane 4: COS-7