Pidnarulex (CX-5461)
Pidnarulex (CX-5461)是一种rRNA synthesis抑制剂，选择性抑制Pol I驱动的rRNA转录，在HCT-116，A375，和 MIA PaCa-2细胞中IC50为142 nM，对Pol II没有作用，对rRNA转录的抑制比对DNA复制和蛋白翻译的抑制选择性高250到300倍。
Pidnarulex (CX-5461) Chemical Structure
CAS: 1138549-36-6
产品质控
批次：
纯度：
99.2%
99.2
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相关信号通路图
细胞实验数据示例
| 细胞系 | 实验类型 | 给药浓度 | 孵育时间 | 活性描述 | 文献信息 |
|---|---|---|---|---|---|
| SEM | Proliferation assay | 250 nM | 24 h | time dependent decrease in proliferation relative to their DMSO treated controls | 26472108 |
| RS4;11 | Proliferation assay | 250 nM | 24 h | time dependent decrease in proliferation relative to their DMSO treated controls | 26472108 |
| KOPN-8 | Proliferation assay | 250 nM | 24 h | time dependent decrease in proliferation relative to their DMSO treated controls | 26472108 |
| NALM-6 | Proliferation assay | 250 nM | 24 h | time dependent decrease in proliferation relative to their DMSO treated controls | 26472108 |
| U2-OS | Cell viability assay | 72 h | IC50=0.5-1.5 µM | 27729807 | |
| MNNG | Cell viability assay | 72 h | IC50=0.5-1.5 µM | 27729807 | |
| NB-EBc1 | qHTS assay | qHTS of pediatric cancer cell lines to identify multiple opportunities for drug repurposing: Primary screen for NB-EBc1 cells | 29435139 | ||
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生物活性
| 产品描述 | Pidnarulex (CX-5461)是一种rRNA synthesis抑制剂，选择性抑制Pol I驱动的rRNA转录，在HCT-116，A375，和 MIA PaCa-2细胞中IC50为142 nM，对Pol II没有作用，对rRNA转录的抑制比对DNA复制和蛋白翻译的抑制选择性高250到300倍。 | ||
|---|---|---|---|
| 靶点 |
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| 体外研究(In Vitro) | ||||
| 体外研究活性 | CX-5461能够选择性抑制HCT-116细胞中rRNA合成(Pol I IC50=142 nM；Pol II IC50 > 25 μM；选择性约200倍)。CX-5461对rRNA合成的选择性抑制在两种其他人类实体肿瘤细胞系，黑色素瘤 A375 (Pol I IC50 = 113 nM；Pol II IC50 > 25 μM)和胰腺癌MIA PaCa-2 (Pol I IC50=54 nM；Pol II IC50 ~25 mM)中得到证实。CX-5461对rRNA转录抑制作用的选择性是对DNA复制和蛋白质翻译的250~300倍。CX-5461对一组人类癌细胞系表现出光谱抗增殖活性，但是对非转化的人类细胞的作用活性很小。所有测试细胞系的中值EC50为147 nM，所有正常细胞系的EC50值大约为5, 000 nM。对HCT-116，A375，和MIA PaCa-2细胞系的抗增殖剂量响应评估的得到的EC50值分别为167，58，和74 nM。CX-5461通过p53-不依赖过程，诱导固体肿瘤细胞自吞噬或衰老，但不诱导细胞凋亡。[1] |
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|---|---|---|---|---|
| 激酶实验 | Pol I 和 Pol II 转录活性检测 | |||
| 两个寿命短暂的RNA转录物(半衰期~20-30 分钟)，一个由聚合酶I产生，另一个由聚合酶II产生，通过qRT-PCR定量，作为CX-546对转录的相关作用的测量。45S前体rRNA作为聚合酶I转录物，原癌基因c-myc作为聚合酶II转录物的对比。聚合酶I和聚合酶II转录物均会被通常的细胞应激影响。为最小化应激作用的潜在影响，将细胞在测试试剂下仅暴露很短的时间(2 小时)。如果CX-5461影响它们的合成，暴露的时间足以使这些转录物减少90%以上。 | ||||
| 细胞实验 | 细胞系 | 一组癌细胞和正常细胞系 | ||
| 浓度 | 0-2 μM | |||
| 孵育时间 | 96小时 | |||
| 方法 | 将细胞接种在96孔板，第二天用剂量响应的CX-5461处理96小时。细胞活性使用Alamar Blue 和CyQUANT试验测定。 |
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| 实验图片 | 检测方法 | 检测指标 | 实验图片 | PMID |
| Western blot | Cyclin D1 / p53 / p16 53BP1 / γ-H2AX / p-ATM Bcl-2 / Bax / Caspase3 cleaved PARP / cleaved Caspase-9 / cleaved caspase-3 p-AMPK / AMPK / p-mTOR / mTOR EG5 / Histone H3 / p-Histone H3 (S10) |
|
29631594 | |
| Immunofluorescence | Vimentin / Phalloidin / Snail1 Rictor / Calnexin Fibrillarin LC3 γH2AX / 53BP1 / RPA / RAD51 chromosome / telomere F-actin / Aurora B |
|
31068593 | |
| Growth inhibition assay | Cell viability |
|
26061708 | |
| 体内研究(In Vivo) | ||
| 体内研究活性 | 异种移植人固体肿瘤的小鼠模型中，CX-5461口服生物可利用，且在体内具有抗肿瘤活性。CX-5461显示出显著的MIA PaCa-2 TGI，在第31天，TGI 为69%。同样的，CX-5461表现出显著的A375 TGI，第32天的TGI为79%。[1] |
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|---|---|---|
| 动物实验 | Animal Models | 5×106 MIA Paca-2 和 A375 癌细胞皮下注射到5-6周大雌性无胸腺小鼠的右侧面 |
| Dosages | 50 mg/kg | |
| Administration | CX-5461通过口服给药，每天一次或每3天一次。 | |
| NCT Number | Recruitment | Conditions | Sponsor/Collaborators | Start Date | Phases |
|---|---|---|---|---|---|
| NCT02719977 | Completed | Cancer |
Canadian Cancer Trials Group|Senhwa Biosciences Inc.|Stand Up To Cancer |
June 13 2016 | Phase 1 |
化学信息&溶解度
| 分子量 | 513.61 | 分子式 | C27H27N7O2S |
| CAS号 | 1138549-36-6 | SDF | Download Pidnarulex (CX-5461) SDF |
| Smiles | CC1=CN=C(C=N1)CNC(=O)C2=C3N(C4=CC=CC=C4S3)C5=C(C2=O)C=CC(=N5)N6CCCN(CC6)C | ||
| 储存条件(自收到货起) | |||
|
体外溶解度 |
DMSO : 0.02 mg/mL ( (0.03 mM) ；DMSO吸湿会降低化合物溶解度，请使用新开封DMSO) Water : Insoluble Ethanol : Insoluble |
摩尔浓度计算器 |
|
体内溶解度 现配现用，请按从左到右的顺序依次添加，澄清后再加入下一溶剂 |
动物体内配方计算器 | ||||
实验计算
动物体内配方计算器（澄清溶液）
第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）
mg/kg
g
μL
只
第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶于水的药物；不同批次药物配方比例不同，请联系Selleck为您提供正确的澄清溶液配方）
% DMSO
%
% Tween 80
% ddH2O
%DMSO
%
计算结果：
工作液浓度： mg/ml；
DMSO母液配制方法： mg 药物溶于μL DMSO溶液（母液浓度mg/mL，注：如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请先联系Selleck）；
体内配方配制方法：取μL DMSO母液，加入μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入μL ddH2O，混匀澄清。
体内配方配制方法：取μL DMSO母液，加入μL Corn oil，混匀澄清。
注意：1. 首先保证母液是澄清的；
2.一定要按照顺序依次将溶剂加入，进行下一步操作之前必须保证上一步操作得到的是澄清的溶液，可采用涡旋、超声或水浴加热等物理方法助溶。
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常见问题及建议解决方法
问题 1:
I want to make it for further in vivo treatment. I
回答：
The solubility of this compound is poor in common vehicles. It can be dissolved in DMF at 3 mg/ml with warming.
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